Noch im selben Zeitraum wurde er verhaftet – wegen seiner führenden Rolle in den Burschenschaften – und als Untersuchungshäftling nach Berlin überstellt. Insgesamt verbrachte er anderthalb Jahre in Haft. Er gestand seine Zugehörigkeit zu einer verbotenen Vereinigung. Das Kammergericht Berlin verurteilte ihn zu mehrjährigem Arrest, Amtsenthebung und Amtsunfähigkeit – obwohl er sich politisch nie betätigt hatte. Sein Name tauchte im Schwarzen Buch der Frankfurter Bundeszentralbehörde auf.
Dank der Fürsprache des Oberlandgerichtspräsidenten in Paderborn wurde ihm ein vergleichsweise gutes Haftregime gewährt: „… zwar auf einem schönen großen Zimmer des Inquisitoriatsgebäudes, und erhielt meine Verpflegung aus dem besten Hotel Paderborns.“ Nach anderthalb Jahren wurde er begnadigt, blieb jedoch zunächst amtsenthoben. Erst auf Vermittlung eines ehemaligen Oberpräsidenten durfte er das dritte Staatsexamen ablegen.
Bemerkenswert: Trotz Haftstrafe wurde Gierse im Berliner Justizministerium angestellt. Mit dem Regierungsantritt von Friedrich Wilhelm IV. setzte er sich öffentlich für die Amnestie politisch verurteilter Personen ein. Er erhielt sogar den Auftrag, die königliche Verfügung zu entwerfen – die letztlich unterzeichnet wurde und seine Rehabilitierung einschloss.
