Ernst von Bayern entstammte einem hohen bayrischen Adelsgeschlecht. Sein Großvater mütterlicherseits war Kaiser Ferdinand. Für die Familie stand fest, dass er eines Tages in den geistlichen Stand eintreten solle – aber zuvor ließ man ihm die Freiheit, sich auszutoben. Das tat er auch.
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An seiner Treue zur katholischen Kirche ließ er nie Zweifel aufkommen. Persönlich war er jedoch weniger an Religion interessiert, sondern vielmehr der Alchemie, Astrologie und Astronomie zugewandt – ebenso der Mathematik, Musik und Malerei. Ein äußerst gebildeter Mann, aber von starken Schwankungen geprägt: mal voller Tatendrang, dann wieder von Trägheit überwältigt. Leidenschaftlich und ungezügelt soll er gewesen sein. Seine Neigung zu gutem Essen, zur Jagd und zu Liebesaffären ist vielfach belegt.